《翠星之加尔刚蒂亚》是由虚渊玄担任原案和脚本的原创动画。
在遥远的未来，银河的尽头。人类正与异形的生命体展开生存之战。在激战中，少年士兵莱德与其乘坐的人型机动兵器Chamber 一起被吞入了不明的时空。
陆地被海洋淹没的地球已经是一片汪洋，地球上的人类们靠乘坐巨大的船只移动，同时不断地打捞着旧文明留在海底的物品生存。被船队搭救的莱德登上了其中一艘大船加尔刚蒂亚，而由于语言、文化、习惯等的不同，莱德对未知的环境感到非常困惑。但无可避免的，他必须去学会如何与加尔刚蒂亚上的人们共同生活，其中还包括少女艾米。
于是，不同于战斗的，充满惊喜的翠星生活开始了。